中學生九十九遊馬與學校頭號不良少年神代凌牙決鬥，而這場決鬥改變遊馬的命運。於該決鬥中，出現在九十九遊馬夢裡的詭異大門突然出現，並由九十九遊馬利用掛墜打開。大門散發出無數光芒，站著九十九遊馬身旁的是從異世界來的神秘生命體阿斯特拉爾，為取回阿斯特拉爾失去的記憶，需要拿回99張編號怪獸，因此九十九遊馬及阿斯特拉爾兩人開始一起行動。 阿斯特拉爾出現真正目的是什麼？新的怪獸「編號怪獸」的存在到底是何方神聖？面對持續出現在遊馬面前的強力勁敵，阿斯特拉爾身上的謎團也逐漸明朗。而本作就是講述這搭擋締造的新決鬥傳說。